Narodil sa 10. 2. 1952 v Bratislave, jeden z vedúcich osobností Nežnej revolúcie. Od roku 2016 pôsobí ako poslanec NR SR za hnutie OĽANO.

Po ukončení strednej školy sa pokúsil so spolužiakom prejsť cez „železnú oponu“. Útek za hranice Československa sa však nevydaril a stal sa tak nepriateľskou osobou s poškvrneným kádrovým profilom. Bol viackrát väznený, často vypočúvaný, a aj po prepustení sledovaný. Mal zároveň prísne zakázané opustiť republiku.

Hoci sa mu neskôr podarilo začať štúdium matematiky a fyziky na Pedagogickej fakulte v Trnave, vo štvrtom ročníku ho zo štúdia vylúčili. Od roku 1976 pracoval ako kurič a pomocný pracovník v rôznych podnikoch a popri tom sa venoval organizovaniu nezávislej kultúry a voľnej tvorbe. V roku 1980 založil prvý občiansky orientovaný samizdat na Slovensku, periodikum Kontakt. Spolupracoval s tajnou cirkvou a s občianskymi iniciatívami ako napr. Výbor na obranu nespravodlivo stíhaných.

V 80. rokoch sa angažoval ako aktivista a organizátor širokého spektra protirežimových aktivít, ktoré vrcholili vydaním publikácie slovenských ekologických aktivistov Bratislava/nahlas v septembri 1987. V nej Ján Budaj (spolu s ďalšími autormi) otvorene kritizoval stav životného prostredia, kvalitu života v hlavnom meste, ako aj neschopnosť a skostnatenosť režimu. Za svoje aktivity bol Ján Budaj pod dozorom Štátnej bezpečnosti, ktorá sa ho všemožne snažila zdiskreditovať.

Ján Budaj je širokej verejnosti známy predovšetkým v súvislosti s masovými demonštráciami v Bratislave v období novembra a decembra 1989, počas ktorých spolu s Milanom Kňažkom bol moderátorom  mítingov na Námestí SNP a stal sa symbolom Nežnej revolúcie na Slovensku.

Dňa 19. novembra 1989 vzniklo za účasti viacerých intelektuálov a občianskych aktivistov v Umeleckej besede hnutie Verejnosť proti násiliu (VPN), pričom Ján Budaj bol najprv jeho koordinátorom a neskôr od januára 1990 predsedom. V období od novembra 1989 do prvých slobodných volieb v júni 1990 viedol VPN, bol poslancom a prvým podpredsedom Slovenskej národnej rady (SNR), kde inicioval aj založenie Výboru SNR pre životné prostredie.

Neskôr pôsobil ako poslanec Národnej rady Slovenskej republiky za Slovenskú demokratickú koalíciu, bol zvolený za poslanca Mestského zastupiteľstva Bratislavy, v komunálnych voľbách 2010 kandidoval na primátora Bratislavy a ako líder strany Zmena zdola – Demokratická únia kandidoval v parlamentných voľbách v marci 2012. Od roku 2016 je poslancom NR SR zvolený za stranu Obyčajní ľudia a nezávislé osobnosti.